Darwiniana

Zdravím! Včera jsem byl za takovým doktorem, má perfektní mikroskop a při té příležitosti jsem si samozřejmě vzal kousek listu D.capensis a dal jsem to pod sklíčko. Měl jsem šťestí. Zrovna jsem vybral list, kde v jeho tentakulách bylo mno těchto mikroorganismů. Teď bych rád vyzval všechny mikrobiology, abychom společně navrhli, která pěstební agarová půda by byla nejvhodnější. Bakterie musím z tentakulí vytáhnout a pomnožit právě na vhodně zvoleném agaru.

Smím se zeptat po čem přesně pátráš, či chceš ověřit?

S přátelským pozdravem Leoš Kohoutek

No stačí si jen přečíst pár minulých příspěvků. Bakterie v tentakulích rosnatek.

TAK! Zdravím všechny po dlouhé době!
Konečně se můj již dávný výzkum konečně opět začíná hýbat!
Narazil jsem konečně na člověka, který mi pomůže tento problém s bakteriemi v rodu Drosera i Drosophyllum vyřešit!
Je to náš nový učitel a dříve pracoval v laboratoři, kde kontroloval potraviny. Zjistil jsem to, jen díky dlouhodobé práci k maturitě, kterou jsem začal u něj dělat na téma masožravé rostliny. Jakmile na mě "vysolil" že pracoval tam a tam, a že tam mají to a to, a že to můžem klidně všechno naočkovat, zkusit pomnožit atd atd.
Tak mu na to říkám: No to by bylo úžasnéé!!
Takže budu o objevech informovat
Zdraví TOM!

No tak paráda, Tome.
Ať se daří a určitě jsme zvědaví na závěry.

Po velmi dlouhé době opět zdravím!

Bohužel toho člověka jsem přecenil, protože až takový odborník nebyl a ten můj zájem mu byl zřejmě u víte čeho. Takže tehdy byly bakterie naočkovány jen tak narychlo na nějakou všeobecnou živnou půdu. Samozřejmě se nic neukázalo.

Studuji sice jako vojenský student Univerzitu Obrany, ale budu z ní přecházet na VUT, takže opět bude čas na tuto mou zálibu.

Rozhodně jsem to nevzdal! Jsem o tom více než přesvědčen! Takže tato záležitost neupadla do zapomnění

A kteoru fakultu jsi studoval? Předpokládám, že v Brně a ne v HK. Otázka jestli na VUT bude mít na tebe někdo čas, pokud to bude mimo tvoje zaměření studia. Přecijen to není primárně biologicky zaměřená fakulta.

Opět nechci tvé nadšení podkopávat, ale jsem skeptik a tak by to i ve vědě mělo být!

Vím že tomu asi stále nevěříš, ale počítej s tím, že opravdu půjde o organely, nebo depozita nějakých látek, kapénky. A myslím, že doma zatím nemáš mikroskopickou techniku, kterou by šlo tvrzení vyvrátit/potvrdit.

A znovu opakuji - buď spíš skeptický - dovolí ti to být objektivnější a nevidět věci kteréch tam chceš vidět, což je vůbec u mikroskopických metod strašný problém a trochu tricky...

__________________________
---Slávek---
email: slavek(zav.)mh2net(.)net
[i]Pěstované:Darwiniana nebo CPUK
Sbírka - fotky naleznete někde tu: Fotky

Fakultu vojenských technologií - letecká a raketová technika.

Vůbec tu nejde o to, že by snad měl na mě někdo na VUT čas, ale jde tu o to, že já budu mít čas se tomuto věnovat

Mám kvalitní mikroskop se zvětšením až 2000x! Bakterie v jogurtu jsou snáze viditelné. Tyto objekty, které jsem popsal jsou menší než samotné koky. Pochybuji proto o organelách buňky, neboť se tyto objekty velmi rychle sami pohybují nezávisle na tekoucí nitrobuněčné plasmě a cévnatém systému rozvádějící tekutiny s živinami dále od hlavičky tentakule. Tudíž lze usuzovat, že mají svůj pohybový orgán - vzhledem k velmi malé velikosti šlo zpozorovat spíše něco na bázi bičíku nebo i více bičíků.

Dále pak se nejedná rozhodně o orgány buněk proto, že tyto objekty nejsou pravidelnou součástí buněk v tentakulích (v listech se nevyskytují vůbec), ale vyskytují se převážně v hustém shluku hned pod hlavičkou tentakule. Toliko k těm orgánům buněk, jelikož právě k těm jsem skeptický zase já.

Jistě, je lépe se dívat na věci skepticky v těchto případech, aby se nevidělo to, co se vidět chce. S tím zcela souhlasím.

Sice kvalitní mikroskop mám, ale nemám pravda další důležité doplňky k tomuto zkoumání. Je třeba v Brně navštívit odborné a vzdělané lidi s patřičným vybavením pro tento výzkum. To taktéž udělám. Myslím, že Masarykova Univerzita bude pro toto vhodná.

Když to bakterie nebudou, tak nebudou, ale rozhodně by se mělo zjistit, co to vlastně je a k čemu to tam slouží!

Slávku, musím říct, že i já se po své původní skepsi přikláním k Tomášovu názoru, že to nejsou jen tak obyčejné organely nebo něco podobného. Nejsem sice specialista, ale mikroskopoval jsem už v rámci studia leccos a nikde jinde jsem tyhle rychlé potvory neviděl. Netuším, zda jsou to bakterie nebo něco jiného, ale něco tam plave A nevěděli si s tím rady ani mí spolužáci... i když by to samozřejmě chtělo někoho povolanějšího - fyziologa rostlin nebo mikrobiologa. Botanici, ať už vegetační, systematičtí či algologové nejsou úplný ideál na takto malý mikrosvět.
Zároveň cítím povinnost se Tomášovi za svou skepsi omluvit, což nyní činím. Tome, sorry!
Ne, myslím to opravdu vážně, když už jsem ty potvory před časem viděl, přestalo mi to taky připadat jako normální organely pohybující se běžnými buněčnými procesy. Jen si vůbec netroufám říct, co to je.

Děkuji Adame!

Zdravím. Teda já se biologií živím, sice s mikroskopií zkušenosti nemám (kromě běžného pozorování tkáňových kultur), ale jde o to, že běžným světelným mikroskopem pozorovat bakterie téměř nelze. Samozřejmě se může zadařit spatřit je jako drobné tečky (to se kdysi podařilo i Leeuwenhoekovi, strůjci prvního mikroskopu, ale je to strašné štěstí). Maximální užitěčné zvětšení (rozlišující dva sousední body) bývá udáváno 1000x (výjimečně 2000x, ale to už chce imerzi a super kvalitu). Při rozměru bakterie 1 um je to fakt na hraně, a už vůbec není možné spatřit cosi jako bakteriální bičík. To prostě nejde!
Každopádně, pokud to vidíte jako něco velmi drobného, co se pohybuje, tak to možná ty bakterie být mohou, ale žádné další detaily asi moc nedáte. Pokud to vidíte jako kuličku, budou to spíš nějaké kvasinky nebo prostě nějaká drobná eukaryota. Nakonec, žijeme v bohatém světě plném komenzálů, symbiontů, parazitů - to by bylo, aby v takovém tentakulím slizu něco nebylo!

Další otázkou je, co se myslí tím kvalitní mikroskop. Já aktuálně pracuji na epifluorescenčním invertovaným mikroskopu s achromatickými objektivy. Max zvětšení 400× resp. 600× na jiném pracovišti - víc prostě nepotřebuji a daná kvalita objektivů by mi stejně nedovolila větší zvětšení použitelně využít. To, že to nějaký objektiv zvládne je jedna věc - druhá věc je výstup. Zvětšení nad 700× se běžně nevyužívají a není proč. Říkám běžně, ne že se to nedělá. Ten mikroskop stál půl mega z toho chlazená CCD kamera 200. A nepovažuji to za "kvalitní" mikroskop pro svou práci. On kvalitní je, což o to (aby ne za ty prachy), ale kvalita výstupu není dostačující. Omezují ho značně achromatické objektivy - stojí "jen" desítky tisíc/kus... Bohužel dneska je všechno o penězích Teď jsme "našetřili" na mikroskop nový, kterým se budu moci posunout úplně jinam, ale to jsou už zcela jiné finanční částky...

K bakteriím jsem skeptický - ty to dle mě prostě nebudou Na druhou stranu musí to být ony? Myslím, že Tomášovi by stačilo zjistit co to tam sakra vlastně plave - nás všechny to zajímá, proto jsem rád, že to ještě nevzdal a bude pokračovat. Jen to chvilku potrvá a bude to hodně práce. Vím o čem mluvím. Proto mu přeji hodně trpělivosti a štěstí! Rozhodně ho nechci od toho odrazovat

P.S.:

Ještě k těm mikroskopickým metodám. Čistě světelnou mikroskopii moc nevyužívám, občas fázový kontrast, ale spíš pro sledování změn morfologie. Pohybuji se hl. ve fluorescenční mikroskopii - to že vím o čem mluvím, jsem myslel tak, že to, že tam něco vidím/vyfotím, ještě neznamená, že to tam je (artefakty, cooccurrence vs. correlation apod. - to se týká spípš té fluo)...potřeba potvrdit několika metodami. V Tomášově případě asi nejen světelnou mikroskopií.

Zpátky k tomu pohybu organel. Cytoplasma je k******y složitá věc - není to jen roztok a emulze látek s organelami. Organely neplavou jen tak v buňce ale jsou "přilepený" na cytoskelet, takže se mohou pohybovat i proti směru proudění cytoplasmy v tom není vůbec problém. Nevím, jaká je rychlost pohybu organel v rostlinné buňce, ale zrovna minulý týden jsem pracoval na autofagii a při focení lysosomů (live-cell imaging), kdy jsou tyto označeny více fluo próbamy, není možné je na jednotlivé kanály vyfotit na stejném místě. Stačí pohled do mikroskopu a člověk vidí, jak se ty mršky pohybují rychle po buňce. Když to vezmu číselně, tak lysosom má několik mikrometrů (cca velikost bakterií) a během jedné sekundy je schopen po buňce ve 2D urazit desítky mikrometrů/s. - je to samozřejmě v xy osách. Absolutní vzdálenost může být větší, pokud by se vzal v potaz i pohyb v ose z. Takže tolik k pohybu organelám proti proudění a jejich rychlosti.

Ale znovu podotýkám, že nevím jak to je u rostlin. Navíc doba kdy jsem se učil fyziologii rostlin už je dávno zamnou, takže si toto vlákno beru vždy jako takovou rozcvičku a připomenutí

Fuuu nějak jsem se rozepsal

__________________________
---Slávek---
email: slavek(zav.)mh2net(.)net
[i]Pěstované:Darwiniana nebo CPUK
Sbírka - fotky naleznete někde tu: Fotky



Upraveno 4 krát. Naposledy upravil Miloslav Macháček (22.04.2014 10:25)

No jo, je to složitý. Molekulární motory valej jak divý. My třeba zase měříme internalizaci receptorů z plazmatické membrány, začíná to po minutách. Ale světelnej mikroskop stejně žádné váčky či cokoliv pod několik set nm už pozorovat nedovolí (konfokál je světelný mikroskop, jen s trochu jinými vlnovými délkami, ale stále to jsou stovky nm, které základní rozlišovací schopnost mikroskopu omezují právě sotva na ten rozměr bakterie či lysozomu - ten je ale přeci jen větší než běžná bakterie).
Je ale fakt, že ten konfokál toho hodně dovolí, jenže stejně - člověk tam pozoruje značené sondy,a ne přímo daný objekt. Jasně, šlo by značenými protilátkami označit v tentakulích něco čistě bakteriálního, a pak se kouknout, zda a jak to svítí... Ale to je samozřejmě utopie, tohle nikdo nezaplatí. U nás (AVČR v Krči) je na konfokál sakra dlouhá čekací doba a vše se drsně platí. Ach jo.

To Vlada R.: Tak dobrá tedy..udělám pro vás rozbor jogurtu a pořídím snímek To s tím bičíkem. To se pouze domnívám, protože tyto malé objekty se neustále různě pohybují a když jsem se okem zaměřil na jeden objekt a pozoroval ho, tak se otáčel a právě při tom jsem si všiml asymetrie, která vykazovala o nějakém takovém orgánu na konci. Už i proto, že tato asymetrie je na opačné straně směru pohybu.

To Miloslav Macháček: Děkuji za tak značně podrobný popis problematiky výzkumu. Ač ještě zcela jistě chybí spousty dalších informací.
Vidím, že v tomto oboru jsi značně více zběhlý než já. Není divu..nejsem odborníkem.
Optickým mikroskopem jsem pouze lokalizoval jistou záhadu. Vyřešit ji, však budu muset za pomoci jiných lidí, než jsem já. Nestačím na to ani vědomostmi a ani technikou. Ale stačím na to zapálením a energií
Ps.: Neboj. Neodradíš mne...nikdo mne neodradí

Vláda R.: Tou novou hračkou jsem myslel také konfokál. S čekačkou mít snad problém nebudu - budu ho mít na starost za katedru + min. jako konzultant pro jiné katedry (uvidí se podle času, jestli to nakonec na mě nehodí celé). Jediné co očekávám bude, že hl. ze začátku budou všichni hned chtít fotit na konfokálu super obrázky takže určitá čekačka vznikne... Platit tu už nikdo nic z fakulty nebude - ti kdo chtěli konfokál využívat, ti různou měrou přispěli při koupi. Každopádně o konfokálních metodách se budu mít ještě hodně co učit, takže se za odborníka v žádném případě nepovažuji a to ani ve světelné/klasické fluorescenční mikroskopii. Každopádně konfokál zobrazí to samé co fluorescenční mikroskop. Rozdíl je samozřejmě jak toho dosáhne (lasery + detektory vs. výbojka + CCD/CMOS kamera) a hl. rozlišovací schopnost, rychlost...

Značit bakterie by bylo hoodně drahý a opravdu by to nikdo nezaplatil, pokud by to nebylo součást výzkumu Nejběžnější značení protilátkou, které používám je Annexin V-FITC a to je taková střední škola fluo značení. A to je lahvička s 500μl za 15-20k - to jen pro představu lidí mimo obor. S tím člověk udělá cca 20 jednoduchých experimentů, podle objemu vzorku. A jsme zase u peněz........

Tomáš B.: Používáš na vzorky imerzi při takovém zvětšení? Pokud ne a nemáš imerzní olej, tak zkus alespoň kapku vody (bude vysychat). Mělo by to obraz zlepšit.

Co se týká řešení záhady a nechávání to na jiných - min. se snaž u toho být. Každá zkušenost se člověku může hodit

__________________________
---Slávek---
email: slavek(zav.)mh2net(.)net
[i]Pěstované:Darwiniana nebo CPUK
Sbírka - fotky naleznete někde tu: Fotky



Upraveno 3 krát. Naposledy upravil Miloslav Macháček (22.04.2014 11:24)

Miloslav M. : No drahé je to všechno strašně, a taky vždycky zaběhnout metodu, aby správně fungovala... Já tedy s mikroskopy fakt zkušenosti nemám, to kolegové, ale určitě to máte super, když máte takové zařízení k dispozici.
Tomáš B.: Podle toho, co píšete, se fakt bude jednat spíš o nějaká Eukaryota. Ve světelném mikroskopu byste si asymetrie bakterie všiml asi dost těžko (bičík je tlustý 20-30 nm, to fakt nedáte). A bakterie jsou právě velice symetrické (žádný cytoskelet, panožky, nic takového). Ale člověk zas tak nějak předpokládá, že v jogurtu budou jen ty bakterie, že .
Ono v těch tentakulích jistě něco bude - bodejť, vždyť co všechno máme v těle my. Zajímavostí je asi 2 roky starý objev tehdy největších známých virů (dnes už je to překonané) v amébách z nálevu na kontaktní čočky (kde vůbec dotyčká osoba měla docela bohatou populaci leccčehos). Jo, život je všude, kde se dá.

Miloslav M.: Používám imerzní olej, právě při největším zvětšení. A jistě, že chci u toho být!! Mám o to velký zájem, jen musím někoho požádat o pomoc

Vlada R.: Tady jsem narychlo provedl snímek vzorku s koky, který mám obarven. Omlouvám se za kvalitu. Je to při imerzi a maximálním zvětšení tzn. 100X20

[soldiersheroes.7x.cz]

Ty objekty o kterých mluvíme jsou ještě menší

Doporučuji shlédnout toto mé video, které jsem již před několika lety pořídil. [uloz.to]



Upraveno 1 krát. Naposledy upravil Tomáš Báborský (22.04.2014 13:28)

Parádní ! Koci jak malovaný! Jo jo, technika pokročila, my bylikdysi na praktikách rádi za tečky...

Pamatujete se ještě na Tomášův objev? A víte vy co, lidi? Tomáš měl pravdu. V rostlinách opravdu žijí tzv. endofyty, nejčastěji houby, ale také bakterie či sinice, to se ví už delší dobu. Jen si to asi málokdo uvědomuje. Mě třeba ani nenapadlo, že i ve zdravé rostlinné buňce mohou žít mikroorganismy, ať už komenzálové, či symbionti (či patogeny - to pak ta buňka ovšem nejspíš nezůstane zdravá dlouho).
Teprve v roce 2015 ale vyšel článek, ve kterém autoři zkoumali endofytní bakterie v rosnatce Drosera burmannii - a našli jich spoustu. V listech, kořenech i květech se nachází jiné společenství. Odkaz na příslušný článek najdete v knihovně pod číslem 01214, zájemci o zapůjčení nechť se mi ozvou.
Vlastně jsme to mohli rozhodnout mnohem dříve - stačilo, kdyby někoho napadlo vygooglit "endofyt" či "endophyte". Pak by bylo jasné, že pozorované plovoucí potvůrky opravdu mohou být bakterie či jiné mikroorganismy. A nemuseli jsme Toma trápit vším tím skepticismem

No to mě popravdě nepřekvapuje ..já jsem chtěl si pořídit mikroskop však víš proč...

S přátelským pozdravem Leoš Kohoutek