Schematický řez kořenem, 1 - kořenová špička; 2 - pokožka (rhizodermis); 3 - kořenové vlásky; 4 - prvotní kůra; 4a - endodermis; 5 - pericykl; 6 - nezralé (a) a zralé (b) buňky dřevní části cévního svazku; 7 - nezralé (a) a zralé buňky lýkové části dřevního svazku, 8 - střední válec
Mezi vegetativní orgány patří kořen, stonek a list. Orgány generativní jsou součástí květu, který je tvořen květním lůžkem, květními obaly, tyčinkami a pestíky. Kořen (radix - viz obrázek) je většinou uložen v půdě a roste ve směru zemské gravitace (je tzv. pozitivně geotropický). Jeho úlohou je ukotvit rostlinu v substrátu, ale z fyziologického hlediska je jeho nejdůležitější funkcí čerpat vodu s minerálními látkami z půdy a předat ji nadzemním částem rostliny. Kromě toho jsou buňky kořenů místem syntézy různých regulátorů růstu, které ovlivňují růst nadzemní části rostliny. Z funkčního hlediska mohou být kořeny různým způsobem přeměněny v kořenové hlízy a bulvy (zásobní funkce, např. pro přečkání suchého období u hlíznatých rosnatek), vzdušné kořeny (příjem vzdušné vlhkosti u epifytů), tzv. příčepivé kořeny, které mají pouze přidržovací funkci (např. břečťan) nebo haustoria u parazitů.
Na konci každého kořene je kořenová špička, která je chráněna kořenovou čepičkou složenou ze zeslizovatělých tlustostěnných buněk, které umožňují snadnější pronikání rostoucího kořene do substrátu. Pod touto čepičkou se nachází skupina buněk, které se intenzívně dělí, vytváří nové buňky kořene a tak umožňují růst kořene do délky. Je to jediné místo, kde se kořen prodlužuje. Příjem látek rozpuštěných ve vodě umožňují výběžky buněk pokožky kořene (rhizodermis), tzv. kořenové vlásky, které se tvoří pouze v krátkém úseku za kořenovou špičkou. Prostor mezi pokožkou a centrální částí kořene zvanou střední válec je vyplněn primární kůrou. Buňky primární kůry v těsné blízkosti středního válce se označují jako pericykl a dělením těchto buněk vznikají postranní kořeny. Základní funkcí primární kůry je transport roztoků minerálních látek přijatých z půdy do cévních svazků ve střední části kořene. Dřevní části cévního svazku (xylém) jsou pak tyto roztoky vedeny do nadzemních částí rostliny. Na druhou stranu je třeba si uvědomit, že látky je nutno v rostlině vést i opačným směrem. Pokud jde o výživu kořenových buněk, jsou zcela odkázány na nadzemní části rostliny. Kořenové buňky nejsou zelené, nemají tedy chlorofyl a tedy nemohou provádět fotosyntézu, která je jediným zdrojem energie u zelených rostlin. Organické látky vytvořené během fotosyntézy jsou pak vedeny do kořene lýkovou částí cévních svazků (floém).
Kořenová soustava je tvořena hlavním kořenem, který je založen již v zárodku a při klíčeni semene vyráží ven. V určité vzdálenosti od kořenové špičky se větví v postranní (sekundární) kořeny. Kromě toho se u rostlin vytvářejí náhradní (adventivní) kořeny, které se mohou vytvářet i na jiných částech rostliny (stonky, listy), což lze s úspěchem využít při vegetativním rozmnožování rostlin.
