Jeho hlavní funkcí je nést listy a reprodukční orgány (květy) a vést roztoky minerálních látek z kořene do listů a fotosyntézou vytvořené organické látky z listů do růstových pletiv kterékoliv časti rostliny. Zelená barva stonku napovídá, že stonek provádí fotosyntézu stejně jako listy a některé části stonku mají funkci zásobní, často spojenou s možností vegetativního rozmnožování (řízkování oddenků).
Na rozdíl od kořene je stonek vždy článkovaný a z uzlů mezi jednotlivými články vyrůstají listy. Maximálním zkrácením délky článků se vytváří tzv. přízemní růžice listů (např. D. capillaris), z jejichž středu vyrůstá buď bezlistý stvol nebo olistěná lodyha. Z uzlin v paždí listů se vytvářejí úžlabní pupeny, které představují základy postranních stonků. Mimo tyto úžlabní pupeny jsou rostliny schopny vytvářet tzv. pupeny adventivní (náhradní) na různých částech rostlin, ze kterých pak vyrůstají nové rostlinky (vegetativní množení většiny druhů rodu Drosera a Utricularia).
Stonek je tvořen stejnými pletivy jako kořen. Na povrchu je pokožka , následuje primární kůra, střední válec s cévními svazky ohraničený pochvou a v centru dřeň. Pokožka je na rozdíl od kořene pokryta různě silnou vrstvou kutikuly, která brání vysychání, a opatřena průduchy, což jsou uzavíratelné otvory pro výměnu plynů. U některých masožravých rostlin (Byblis, Drosophyllum) je pokožka stonku vybavena žláznatými trichomy (tentakulemi). Primární kůra stonku je rozdělena do tří vrstev: vnější - tlustostěnné buňky s funkcí mechanickou, střední - tenkostěnné buňky s chloroplasty s funkcí fotosyntetickou; u oddenků je tato vrstva mohutnější a má funkci zásobní, vnitřní - tlustostěnné buňky s funkcí mechanickou, tvoří pochvu pro střední válec. U většiny stonků se mezi pochvou a středním válcem vyskytuje jedna vrstva buněk (pericykl), které vytváří v případě potřeby adventivní kořeny a adventivní pupeny. Rostliny s touto vrstvou buněk je pak možné množit řízkováním. Střední válec je tvořen tenkostěnnými buňkami a cévními svazky.
Krytosemenné rostliny mají zpravidla cévní svazky ve stonku uspořádány do kruhu. Cévní svazek se skládá z části lýkové, dřevní a dělivého pletiva kambia. Dělením buněk kambia vznikají nové vrstvy lýka a nové vrstvy dřeva. Část lýková vede roztoky organických látek vytvořených fotosyntézou, část dřevní převádí roztoky minerálních látek z kořenů do nadzemních částí rostliny.
Schéma anatomické stavby stonku dvou děložných rostlin: 1 - pokožka, 2- primární kůra, 3 - pochva, 4 - cévní svazek, 4a - lýko, 4b -dřevo, 5 - kambidum, 6 - dřeň (převzato ze skript "Lesnická botanika", VŠZ, Praha, 1984)
Z funkčního hlediska mohou být stonky přeměněny v oddenek se šupinami a úžlabními pupeny s funkcí zásobní a možností vegetativního rozmnožování (Sarracenia). S jinou metamorfózou stonku se setkáme u rodu Utricularia, kde ploché listy jsou stonkového původu s funkcí fotosyntetickou, stejně jako podzemní plazivá část s funkcí ukotvovací. Cibule jako zásobní orgán je tvořena zkrácením stonku - tzv. podpučím a zdužnatělými listy, a je možné ji využít při množení rostliny. Oddenkové hlízy brambor, stonkové hlízy kedlubnu i šlahouny jahodníku jsou také původně stonek. Zkrácením bočních větévek mohou ze stonku vznikat útvary podobné trnům -kolce trnky nebo hlohu. Fylohladia u chřestu (Asparagus) vznikají jako zkrácené boční větévky a vzhledem připomínají vlastní listy. Kaudex vzniká u vytrvalých bylin a polokeřů s kulovitým kořenem a má zásobní funkci.
